kegg数据库使用教程(查看数据库的关键词是什么)

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大家好，今天来介绍kegg数据库使用教程的问题，以下是渲大师小编对此问题的归纳和整理，感兴趣的来一起看看吧！

如何在KEGG数据库中查找关注pathway

1．打开KEGG数据库首页，链接如下：http://www.genome.jp/kegg/，如下所示：

点击“KEGG PATHWAY”字样链接，可见如下界面：

一直往下看，会发现咐纳KEGG数据针对pathway做了分类，主要包含Metabolism、核坦Genetic Information Processing、Environmental Information Processing、Cellular Process、Organismal Systems、Human Diseases、Drug Development七个方向，并针对每个方向还有更为细致的分类，例如Metabolism包含Carbohydratemetabolism、Energy metabolism、Lipid metabolism等，各位看官可以根据您的研究方向或感兴趣通路选择具体的pathway进行查看。

2．假如我们关注Carbohydrate metabolism下的Pentose phosphate pathway，点击后获得如下界面：

其中最上面的Reference pathway表示我们目前查看的通路是所有物种通用的pathway，下面的一段文字是对这个pathway的介绍，再下面网络图显示此pathway具体信息。

其中带有Pentosephosphate pathway字样的方框点击开可发现对这个通路的其他信息介绍，同时可看到这个通路的ID（map00030），这个用map开头+数字组成的ID表示所有物种通用的通路ID，如果是某一特定物种的ID，会以该物种的3个字母简写名字+数字组成，例如hsa00030。在网络图中方框表示的是参与反应的酶，例如1.1.1.47，这是酶的ECnumber，国际酶学委员会赋予的编号。

小圆圈表示化学反应中的化合物，例如beta-D-Glucose（C00221）。箭头代表的是反应方向，虚线表示此反应可以通过中间产物或其中途径发生联系。大椭圆表示与此通路相关的另一个pathway。如果您想要只关注human的Pentose phosphate pathway，就可以在Reference pathway处进行选择，之后点击Go即可。

这个时候您会发现在第一行显示与不选择物种时有一定区别，会标记为human信息，同时点击网络图中的带有Pentose phosphate pathway的方框，里面会有human的这个通路的信息，包含了human该通路的pathway ID（hsa00030）和介绍。

网络图本身也有变化，部分方框为浅绿色，其他不变。其中浅绿色方框为人类含有的酶，例如3.1.1.17，把鼠标放在上面会有相关信息显示。白色方框的酶在人类中不含有，把鼠标放在上面不会有任何信息显示。

浅绿色方框可以点击开查看详细信息，例如点击3.1.1.17，获得如下界面，Entry为该酶在KEGG数据库中的ID，Gene name为此酶的简化名，Difinition为此酶的通用名字EC number，KO是在KEGG数据库中该酶的同源序列号，Pathway中罗列出了该酶参与的通路，除此之外，还显示很多其他信息，例如编码该酶的三级结构（Structure）、基因序列（NT seq）和氨基酸序列（AA seq）等信息。

注意哦，上图的右上角，有一个Help字样，如果您对此页面中信息不清楚，可以点击Help，页面里对每项都有相应的详细介绍。

如果您知道自己关注通路的ID，可以直接在第一步的基础上直接搜索，也可以获得特定物种的通路信息，例如上面的human的Pentosephosphate pathway，ID为hsa00030，我们就可以直接用这个ID进行搜索，具体操作为在步骤1的第二幅图中填入ID号，选择物种has，点击Go即可，页面如下：

在出现的页面中，点击hsa00030这个通路即可改简桐。

如何在KEGG数据库中DIY标记感兴趣基因

首先打开KEGG搜索界面，如磨厅下图。

Search against输入"hsa"，PrimaryID 类型选择“NCBI-GeneID”，在“Enter objects one per line followed by bgcolor, fgcolor”下方文本框中输入要瞎扮隐查询的基因名“GPX1”。

在“Examples”下方选择“人”的通路。

点击“Exec”，弹出查询到的通路。

点击其中任何一个通路，弹出通路图界面。

其中的红色块即为该基因或该基因相关缺掘的基因。点击红色块，弹出界面可以查看详细的信息。

如何用KEGG数据库搜索类似的基团反应

任找一个代并猛老谢通路图，绝升在上方有pathway meue payhway entry Show(Hide) description 这3个选项，点击pathwayentry, 出现了一个页面，这个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。在这个页面中的pathway map项中点击按钮知闷状的链接Ortholog table 。就进入了Ortholog table如下的页面

如何在KEGG数据库中查找关注pathway

如果仿厅颂您知道自己关注通路的ID，可以直接在第一步的基础上直接搜索，也可以获得特定物种的通路信息，例如上面的human的Pentosephosphate pathway，ID为hsa00030，我们就可以直接用这个ID进行搜索，具体操作为在步骤1的第二幅图中填备郑入ID号，选伏碰择物种has，点击Go即可！

信号通路都会在kegg查到吗

可以。
我们可以利洞哗用KEGG数据库中的KEGGMapper工具查询多个基因信号通路。根据基因表达差异列表，利用KEGGMapper进行转换。
首先，我们将需要查询的基因名称在Uniprot网址上进行ID转换（见前一篇文章），形成的Excel文件中Entry那一栏就是我们查询到的基因UniprotID了。
根据表达差异，将含UniprotID和Expression对应，值得注意的是蚂搏部分基因查询不到对应的Uniprot，或者一个基因对应多个Uniprot，根据自己的内容选择对应纳物行的。可以设置颜色对表达上调或下调进行颜色区分，在Entry一栏旁设置一栏color，我们可以上调设置为“red”,下调设置为“blue”。（颜色必须用英文小写字母，大写不能识别）。然后将Entry 和color两栏复制，输入“Enterobjectsoneperlinefollowedbybgcolor,fgcolor”,点击“Exec”。
根据查询结果，选择你需要的结果。我们选择第一个，TGF-beta信号通路（human）。这样我们很清晰的看到我们查询的基因在TGF-Beta信号通路中位置和关联。并且通过颜色即可识别该基因上调还是下调。