生信分析平台服务器配置租用选择(生信分析服务器要求)

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生物信息学主要研究方向：DNA/RNA/蛋白质测序。序列比对。基因发现。基因组组装。药物设计。药物发现。蛋白质结构比对和预测。通过使用计算密集型技术（用于模式识别。数据挖掘。机器学习算法和可视化）来加深对生物过程的理解。因此需要配备先进的计算设备和丰富专业的分析软件。这里渲大师将和你分享做生信分析需要的服务器配置。希望对你有帮助~

1。CPU

CPU是计算机的大脑。计算机的计算主要就是靠CPU来完成。所以CPU非常重要。CPU的计算速度决定了计算机的计算能力。也就是水桶效应中最上面的那块木板。比如序列拼接这个工作。需要将测序的reads切成更小的片段。那么这些片段有数百万至数千万。需要非常大的计算量。如果数据复杂。计算量就更大了。

另外。CPU还需要支持多核心。CPU就是大脑。一个核心就是一个心眼儿。我们都知道心眼越多的人越聪明。多核心就可以进行并行计算。在生物信息分析中。有些工作。可以进行并行计算。相当于原来一个人的工作。现在由100个同样的人来做。理论上速度快了100倍。因此。在硬件配置中。选择CPU是非常重要的。IdcbESt.cOM

2。内存

内存是CPU和硬盘之间数据交流的媒介。计算机需要将存储在硬盘上的数据读取到内存中。CPU才能用来计算。而CPU不能直接读取硬盘上的数据。必须通过内存这个缓冲区。举个例子。CPU是大脑。内存是脖子。脖子以下是硬盘。内存往往就是我们常说的“瓶颈”。

假设一个人的全基因组测序数据。采用二代测序的方法。人的基因组3G。10倍数据30G。那么这30G的碱基。再切成更小的kmer。假设数据增加到了100G。这不算存储序列的一些其它信息。序列拼接的时候必须完成一次将所有数据同时存入内存。如果内存达不到100G。拼接根本无法完成。

3。硬盘

硬盘其实是计算机硬件配置中非常重要的一环。但是硬盘往往容易被大家忽略掉。认为硬盘用来存储数据。只要足够大就行了。这是不对的。

首先大存储量是必须的。因为生物数据往往都称为生物大数据。非常消耗存储空间。包括原始的数据存储。中间分析结果。最终结果。数据备份等。尤其是在样品量大的时候。就会非常占据存储空间。一般都是以T为单位的。

其次。硬盘的读写速度。这个也是非常重要的因素。因为目前CPU计算速度和内存已经足够大了。这样的条件下。硬盘称为限制计算机整体性能的因素。因此使用SSD硬盘会明显改善计算机性能。由于目前SSD过于昂贵。可以选择SSD+机械硬盘的方案。硬盘要做成RAID提高读写速度和数据安全性。

4。显卡

可以选配显卡。但显卡并不是必须的。因为很多分析工作都是文本操作。显卡适合于图形计算。例如计算蛋白质空间结构。构建系统网络等。可以选择配置显卡。

5。不间断电源UPS

UPS相当于一个大的移动电源。为了防止突然断电。导致数据丢失。UPS还是非常重要的。有些生物计算需要持续很长时间。例如拼接一个大的基因组。构建一个大的系统发育数等可能数十天时间。一旦断电。损失非常大。不要心存侥幸心理。灾难往往就发生在那些心存侥幸心理的人身上。IdcbESt.cOM

6。其它

冷却系统。如果是大型计算系统。设备会产生大量热量。需要建设冷却系统。

以上就是关于生信分析服务器配置的建议。

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渲大师生信专用服务器系统的优势

1。硬件：根据用户的计算需求。我们可以提供从工作站到机架式服务器的各种硬件配置。且可以根据您的计算类型。合理配置CPU数目和内存大小。实现硬件资源的最优组合。

2。软件：在基础版中。根据用户需求我们安装了常用生信软件；进阶版中。我们将常用软件封装。串联成分析模块。通过单行命令即可完成很多常规分析内容。如基因表达量计算。突变检测。基因功能注释等。让用户开机即可开始生信数据的分析。

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